僧の忠円によって梅若丸の墓所が築かれ、翌年にいたり、その側に念仏堂が建立されたという。（梅若寺の起源）

太田道灌が参拝し梅若塚を改修したといいこの頃、梅若寺を建てられたともいう。

 京都五山の僧である万里が、ここを訪れたことを彼の詩集『梅花無尽蔵』で述べている。これは、梅若塚を記したものとして現存する最古の文献である。

また翌18年には、准三后の位にあった僧の道興も、ここを訪れたことが彼の紀行文

『廻国雑記』に出ている。

徳川氏より五石の寺領を給せられる。

ついで、 寛文10年（1670-家綱の時代）さらに二〇石を加増される。

江戸初期

家光の時代

当寺の境内に隅田川御殿が建てられ将軍その他の貴人がしばしば来寺する。

上州高崎城主の安藤重治によって絵巻物「梅若権現御縁起」三巻が寄進される。

当寺の堂舎配置の様子が石川流宣の『江戸案内巡見図鑑』に詳しく示される。

元禄～

享保年間

梅若伝説に取材した一連の文芸作品『隅田川物』の最盛期となる。

当寺は、この頃、貴人の寺から次第に庶民の寺となり広く世人に親しまれるようになる。

維新と供に幕府の保護を失い廃寺となり寺の堂舎は取り除かれて跡地には梅若神社が創建される。

仏寺復帰の願いが僧の光円によって実現され、木母寺の再興がなし遂げられる。翌22年、梅若神社が旧に復して梅若堂となる。

神社を再び仏寺とする事は当時としては非常に困難な事業であり、当寺では、明治中興と称している。

東京府によって梅若塚は史跡の指定を受ける。（のち東京都旧跡）

4月13日、米軍機の空襲を受けて本堂など焼失する。

また戦火を免れた唯一の仏堂である梅若堂も15日の再度の空爆により損傷を受ける。

もとの位置に仮本堂を建立する 

梅若堂を改修し梅若権現忌（梅若祭り）が復活し今日に至る。

なお、梅若忌は明治中興後は新暦4月15日に執行される。

都市再開発法に基づく防災拠点建設事業の実施により現境内へ移転する。

 なお、この年「梅若塚保存会」が結成される。